Да, можете. При бронировании билета онлайн, на странице оплаты будет такое поле:
Выберите, сколько миль вы хотите потратить на оплату билета. Если на вашем счету в программе S7 Priority недостаточно миль, оплатить билет нужно будет полностью рублями.