Я гражданин России и лечу из Новосибирска во Владивосток через Токио. Нужно ли оформлять транзитную визу?

Да, нужно. Транзитная виза в аэропортах Китая или Японии не потребуется, только если вы летите не в Россию или из нее, а в другую страну. Например, Владивосток — Пекин — Сеул или Новосибирск — Нарита — Бангкок — если маршрут такой, то транзитная виза не нужна. А вот Новосибирск — Нарита — Владивосток или Хабаровск — Пекин — Иркутск — транзитная виза нужна, без нее вам откажут в перелете.